Sapporo

Trụ sở chính đặt tại Sapporo nằm về phía bắc nhà ga Sapporo, và điều hành tất cả các chương trình của Đại học Hokkaido trừ khoa Khoa học thuỷ sản, cũng như trường sau đại học Khoa học thuỷ sản.

Hakodate

Cơ sở ở thành phố Hakodate nằm về phía nam của Hokkaidō gồm khoa/trường sau đại học về Khoa học thuỷ sản. Tuy nhiên, các sinh viên theo học ngành này sẽ bắt đầu chương trình học tại đây từ học kỳ 2 của năm thứ 1, vì sinh viên năm thứ một trong học kỳ đầu tiên phải tham gia các khoá về các môn khai phóng ở cơ sở Sapporo.